В Законе "О Конституционном Суде" 1991 года аппарат КС именовался Секретариатом. Штатная численность секретариата утверждалась Верховным Советом РСФСР по предложению Председателя КС.
22 ноября 1991 Верховный Совет РСФСР утвердил штатную численность секретариата КС в количестве 247 человек и поручил Министерству экономики и финансов открыть финансирование КС с 1 ноября 1991 года. К моменту принятия нового федерального конституционного закона о КС (лето 1995) в Аппарат КС входили: Секретариат; Управление хозяйственного и социально-бытового обслуживания; финансовый отдел; сектор кадров; редакционно-издательский отдел; пресс-служба; отдел охраны.
Федеральным конституционным законом о КС предусмотрено, что руководители Секретариата КС и других подразделений аппарата, иных служб Конституционного Суда Российской Федерации, а также Положение о Секретариате Конституционного Суда Российской Федерации и штатное расписание аппарата утверждаются Конституционным Судом по представлению его Председателя (ст.24). Председатель КС осуществляет общее руководство аппаратом (ст.24); непосредственное руководство работой аппарата КС осуществляет судья-секретарь (ст 27).
Функции аппарата определены в статье 111:
Секретариат КС РФ осуществляет организационное, научно-аналитическое, информационно-справочное и иное обеспечение Конституционного Суда Российской Федерации, проводит прием посетителей; рассматривает обращения в адрес Конституционного Суда Российской Федерации в предварительном порядке и в случаях, когда они не затрагивают вопросов, требующих изучения судьями Конституционного Суда Российской Федерации; содействует судьям в подготовке дел и иных вопросов к рассмотрению в заседаниях и на совещаниях; изучает и обобщает деятельность государственных органов по обеспечению исполнения решений Конституционного Суда Российской Федерации.
Иные подразделения аппарата осуществляют материально-техническое и социально-бытовое обеспечение Конституционного Суда Российской Федерации.
Конституционный Суд Российской Федерации в пределах своей сметы расходов устанавливает численность, структуру и штатное расписание аппарата; утверждает Положение о Секретариате Конституционного Суда Российской Федерации.
Охрану КС до осени 1992 осуществляли подразделения МВД, прикомандированные к Верховному Совету, с осени 1992 до лета 1993 - Главное управление охраны РФ, в сентябре - октябре 1993 - снова подразделения милиции, с 7 октября 1993 - Департамент охраны высших органов судебной власти, созданный при Министерстве безопасности.
27 июня 1994 Департамент охраны был упразднен, и с тех пор КС является единственным из высших органов государственной власти, который охраняют не спецслужбы, а подразделения милиции.
