Родился 25 февраля 1950 года в с.Джанги-Джер Кызыл-Аскерского района Фрунзенской области Киргизской СССР, где его семья оказалась после депортации карачаевского народа. Карачаевец.
По окончании в 1966 году средней школы работал плотником-бетонщиком в г. Карачаевске Карачаево-Черкесской автономной области.
В 1972 году закончил Саратовский юридический институт им. Д.И. Курского, поступил в аспирантуру этого же института, закончил ее досрочно.
В 1975 - 1976 гг. проходил действительную военную службу. После демобилизации работал в Саратовском юридическом институте преподавателем, старшим преподавателем, доцентом, профессором кафедры государственного (конституционного) права.
В 1989 году защитил докторскую диссертацию, посвященную проблемам прав и свобод человека; доктор юридических наук.
Участвовал в разработке ряда законопроектов, включая проект Конституции (Основного закона) Российской Федеративной Республики, который был подготовлен группой сотрудников Саратовского юридического института.
Состоял в КПСС до октября 1991 года.
29 октября 1991 избран Судьей Конституционного Суда (выдвинут народными депутатами от автономий).
Б.С.Эбзеев - один из троих судей, выступивших с особыми мнениями по "делу КПСС". В отличие от А.Л.Кононова и В.О.Лучина, позиции которых оказались близки позициям двух сторон, участвовавших в процессе, Эбзеев выразил свое мнение в форме текста, более всего похожего на пространную теоретическую статью, большая часть которой посвящена критериям признания партии неконституционной, то есть вопросу, от рассмотрения которого КС отказался. Отмечая, что "не всегда закон является правом, а право не всегда выражается в форме закона", Эбзеев называет тем критерием, которым КС не может пренебрегать никогда, права человека.
Еще одно особое мнение Эбзеева в первый период работы КС было высказано им по делу о статусе столицы.
Один из разработчиков федерального конституционного закона о Конституционном Суде РФ.
14 февраля 1995 включен в состав первой палаты КС. Член Комиссии по координации с органами судебного конституционного контроля субъектов Российской Федерации и государств - участников СНГ.
По итогам рассмотрения "чеченского дела" летом 1995 года выступил с особым мнением, в котором заявил, что неадекватность актов Президента, а особенно - мер по их реализации потребностям пресечения покушения на конституционный строй им самим придает характер покушения на конституционный строй РФ. По мнению Эбзеева, КС не должен был ограничиваться лингвистическим анализом текстов актов, а рассматривать их с учетом их практического воплощения.
В марте 1997 высказался в "Независимой газете" против принесения судьями, избранными при старой Конституции, повторной присяги.
Всего в 1995-1996 гг. высказал два особых мнения: второе - по делу о парламентском кворуме. Эбзеев считает, что принятое Судом толкование понятия "общее число депутатов" может при определенных условиях затруднить работу парламента. Необходимо законодательное установление минимального числа депутатов, при котором Дума вправе осуществлять полномочия, но это дело законодателя а не Конституционного Суда.
Автор четырех монографий.
В конце 1996 года выпустил книгу "Конституция. Правовое государство. Конституционный Суд" (см.аннотацию в разделе 1).
