При всей разнице политических взглядов членыСовета Федерации поначалу проявляли почти полное единодушие по многим, прежде всего - экономическим вопросам. В первый день работы Совета Федерации, 23 января 1996, за избрание Председателем палаты Е.С.Строева высказались представители разных взглядов - от Тулеева до Лужкова, против - только А.Собчак, пытавшийся вовлечь в "антикоммунистическую оппозицию" Н.В.Федорова, но оставшийся в одиночестве (подробнее см. в разделе "Руководство Совета Федерации").
Основная конституционная функция Совета Федерации - говорить "да" или "нет" принятому Думой закону, не имея возможности внести в него конкретные поправки - и принцип формирования палаты приводят к тому, что основным мотивом при принятии решений часто оказываются вопросы распределения полномочий между Центром и регионами и межбюджетных отношений.
Проблемы возникали при прохождении федеральных конституционных законов (о судебной системе, об Уполномоченном по правам человека), для одобрения которых требуется квалифицированное большинство в 3/4 голосов. "Блокирующий пакет" оказывался, в основном, в руках глав республик, недовольных предлагаемым балансом полномочий между регионами и центром. В этих случаях законы удавалось провести с помощью голосования опросными листами, позволяющего собрать голоса "прогульщиков". После того как в мае 1997 Президент (с целью заблокировать "закон о реституции") решил не подписывать больше законы, принятые опросными листами, федеральные конституционные законы могут быть одобрены верхней палатой только при крайне благоприятном стечении обстоятельств.
Проблемы с обычными федеральными законами решались проще: законы, которые лидеры регионов рассматривали, как покушение на свои права (например, закон, ограничивающий право субъектов Федерации выпускать векселя) отклонялись, не получая в сенате простого большинства голосов, после чего Дума преодолевала 300 голосами вето Совета Федерации и отправляла закон на подпись Президенту.
Наиболее сложными для Президента, как и в прошлом Совете Федерации, были кадровые вопросы. По традиции, сложившейся с 1994 года, кандидатам на должности судей Конституционного Суда (а иногда - и Верховного Суда) неизменно задается один и тот же вопрос: как Вы расцениваете президентский указ 1400. Судя по итогам тайных голосований, сенаторы не хотели бы повторения событий сентября - октября 1993 и не склонны поддерживать тех кандидатов, которые однозначно оправдывают тогдашние действия Ельцина. Старый Совет Федерации укомплектовал Конституционный Суд только с шестой попытки, а новый дважды отклонял кандидатуры, представленные для заполнения образовавшейся вакансии.
